Самозанятый удобен, пока это разовая услуга со своим инструментом и несколькими заказчиками. Если человек работает только на вас, по вашему графику, с вашим оборудованием и без права отказаться — проверка видит трудовые отношения.
Тогда доначислят взносы, НДФЛ, иногда штрафы по кадрам. Чеки из «Мой налог» сами по себе не спасают, если по факту это штат.
Пересмотрите договоры: предмет, порядок оплаты, отсутствие подчинения ПВТР, наличие других заказчиков. Где модель нечестная — лучше оформить трудовой договор, чем объяснять «это гибкая занятость».